概算経費（措置法26条）は、適用できれば、診療所規模によっては相当な節税となります。
診療所をどう経営していくかは、あくまで院長次第です。
御子息が医学部を望むケースなどは、一定程度の資金を要するため、診療所の売上規模を伸ばし、自身の収入を上げることが求められます。
一方で、多額の資金を必要とするような事情がなく、自らのペースで経営を行いたいのであれば、売上を一定額に抑え、措置法26条による恩恵を最大限に受けるのも一つの手段です。
「患者数を押さえるのではなく、売上を上げる方が良い」と、第三者のコンサルや税理士が主張することがありますが、診療所によって事情は千差万別です。
（コンサルや税理士は通常、顧客の売上が上がる方が報酬を多くもらえる。）
措置法26条については、当事者によって捉え方は様々と思いますが、認識を誤ると大きな損失になることもあります。
措置法26条に対する誤った認識が齎すリスクについて説明します。
適用失念によるリスク
仮に開業後間もない診療所で、その年の年間収入が明らかに5千万以下で多額の利益が出る見込であることを想定します。
措置法26条の適用を受けずそのまま申告すると、明らかに納税面で損をする形となります。措置法であるため、申告期限までに適用を受けた申告書を提出しないと、遡って適用をすることができません。
更正の請求ができないため、節税できなかった金額がそのまま損害額となります。
措置法26条の適用失念は、税理士賠償責任保険の事故事例冊子で時折見かけます。
私が直近で目を通した税賠に関する冊子にも記載がありました。
その事例では、過去複数年の適用失念による損害が約900万円あり、診療所の売上規模を考えれば、看過できる金額ではないと思います。
また、明らかに措置法26条を適用すると税金面で有利にもかかわらず、その適用をせず、税理士が専従者給与に関する届出をして、専従者給与を支給し通常の確定申告を行うといったことも、話として聞くことがあります。
相続対策で配偶者に財産を残したいなどの場合を除き、措置法26条の適用を受けるのであれば、専従者給与を支給すると税金面では損することになります。
専従者給与を支給して措置法26条の適用を受けた場合でも、労務の対価として支給されている以上、贈与認定はされませんが、現状で節税を取るのか相続対策を考えるのかは検討する必要があります。
参考：社会保険診療報酬の所得計算の特例の適用を受けた青色申告事業主が配偶者に支給した専従者給与と贈与税｜国税庁
納税者と税理士との間で、きちんとしたコミュニケーションが取れているかがカギとなります。
損益予測ミスによるリスク
その年の社会保険診療報酬が5,000万円を超えることを見込んで、専従者給与支給や定率法選択を行ったものの、結果的に社会保険診療報酬が5,000万円以下に収まってしまい、税金面で損をするということは、ケースとして発生する可能性があります。
これはやむを得ない側面もあります。
ただ、事前に税理士が詳細な有利不利の予測計算を行うことなく、一方的に専従者給与支給を勧めるのは問題です。
上記届出期限は、開業年を除き、いずれもその年の3月15日なので、それまでに院長先生と税理士が、できるだけ正確に損益予測を行い、届出の可否を判断することが大切です。
それが大きな節税に繋がります。
また、経費率が高いから措置法26条の適用をしなかったということを耳にしたことがあります。
詳しく話を聞くと、専従者給与を含めて経費率を計算していました。
専従者給与を含めて割合計算したら、経費率が高くなるのは当たり前です。
前述の通り、措置法26条が適用可能なケースで専従者給与を計上すると、納税面では不利になります。
損益予測が正しく行われているか、その検証も必要です。
納税予測失念によるリスク
専従者がいないケースなどで、その年の社会保険診療報酬が5,000万円以下に収まったことから措置法26条を適用した申告書を提出した場合で、期限後に実額で計算した方が税金面で有利と判明するということもあり得ます。
この場合、更正の請求をすることはできません。
国税通則法第二十三条（更正の請求）
納税申告書を提出した者は、次の各号のいずれかに該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から五年（略）以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（略）につき更正をすべき旨の請求をすることができる。
一 当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（略）が過大であるとき。
更正の請求の要件は、「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」又は「当該計算に誤りがあったこと」があった場合に限り行うことが出来ます。
今回のケースでは、当初申告で措置法26条を適正に適用して申告していることから、「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」、「当該計算に誤りがあったこと」のいずれにも該当していません。
そのため期限後に、実額と概算経費で生じた納税差額を取り戻す手続を行うことが出来ません。
このケースは、申告前に概算経費及び実額計算のそれぞれの納税予測を立てていれば防げた損害であり、事前の対策を十分に行うべき事例です。
医療法人化の際の、税理士や行政書士との意思疎通不足によるリスク
措置法26条は、年間の社会保険診療報酬が5,000万円以下の場合に、適用が可能となります。
医療法人化した場合、法人化後の収入は医療法人の収入となるので、例えば、５月に法人化運営を開始した場合、１月から４月までは個人の収入で、５月以降は法人の収入ということになります。
医療法人化設立認可に係る仮申請もしくは予備審査等は、例えば東京都では春と秋です。
秋に仮申請の場合、認可は翌年の春となり、個人経営はその年１月から春までとなります。
この場合、医療法人開設許可申請の時期を調整すれば、措置法26条の適用が可能です。
また、概算経費は法人税でも適用があり、決算月や役員報酬を上手に調整すれば、医療法人でも概算経費の適用が可能です。（措置法67条）
納税のことだけを考えれば、春に仮申請を行うより、秋に仮申請を行う方が有利です。
少なくとも、医療法人設立認可申請に携わる税理士や行政書士は、この点は院長に説明すべきと思います。
そのため、医療法人化の際は、必ず税理士と行政書士に、主に下記の事項を確認する方が良いです。
・医療法人化の仮申請時期が春と秋の自治体の場合で、仮に春に申請する場合の理由
・措置法26条の適用をする場合としない場合の納税予測
・措置法26条の具体的な計算を正確に行う予定か（自費収入対応経費の抜粋等）
・措置法26条適用の場合、専従者給与の取りやめを行う予定か否か
・措置法26条適用の場合、定額法へ変更するか否か
・医療法人化後の概算経費（措置法67条）の適用の可否
まとめ
概算経費（措置法26条）は、突き詰めれば繊細な節税方法です。
適用の際は、損益予測や届出時期などを考えながら、気を遣うことが大切です。
（例）秋に仮申請、医療法人は８月決算
・１月～４月：個人診療所で概算経費適用
・５月～８月：医療法人で概算経費適用